安装conda，管理环境

在 Linux 中，安装软件的方法有很多中，具体可以看每个软件的官方，一般都会给出安装说明。对于初学者，学会安装 conda ，并用 conda 安装和管理生信软件即可。

1.下载conda

打开浏览器，搜索：conda 清华源，进入下图链接，或者按住Ctrl点击：https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

image.png

找到下图位置

1567925279313.png

拉倒页面最下面，找到适合的服务器系统的 miniconda3 的版本，然后右键，点击复制链接地址

image.png

然后，回到 Linux 服务器的命令行，输入： wget -c 粘贴地址

  1. wget  -c  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2.安装conda

  1. bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
  2. # 有 yes 输入 yes ，有 Enter 按 Enter
  3. # 遇到yes/no，就输入yes，输错了就按住 Ctrl+退格键 删除，
  4. # 遇到其他需要按 Enter 的情况就直接按 Enter。
  5. # 切记操作慢点，最后一个最好输入yes
  6. # 最后一个输入yes，你可以看一下最后几行英语，翻译一下，它告诉你，安装软件后，更改了你家目录下的.bashrc文件
  7. # 成功安装了之后，在用户的家目录会生成一个文件夹 miniconda3

3.重新激活环境

.bashrc 这个配置文件一旦被修改，就要激活，使之生效，有两种方法

第一种：重新登录

第二种：运行下面的命令，重新激活环境

  1. source   ~/.bashrc

4.配置镜像

  1. ## 配置镜像，依次运行下面7句命令即可
  2. # 下面这三行配置官网的channel地址
  3. conda config --add channels r 
  4. conda config --add channels conda-forge 
  5. conda config --add channels bioconda
  6. # 下面这四行配置清华大学的bioconda的channel地址，国内用户推荐
  7. # 不过清华镜像的访问量太高了，经常不稳定，也有人推荐北外或者阿里的镜像
  8. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  9. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  10. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  11. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  12. conda config --set show_channel_urls yes

5.创建小环境

  1. conda create -n wes python=3
  2. # 创建安装软件的小环境名 wes
  3. # 有这样一个环境名 wes，就可以在小环境中安装软件，在这里安装环境的同时顺便安装了python，版本为3
  4. # wes是小环境的名称，可以随便取。
  5. # 输入y
  6. # 速度测试：大约1-2 min，随网速而定

正确安装最后会有以下提示：

  1. ......
  2. Preparing transaction: done
  3. Verifying transaction: done
  4. Executing transaction: done
  5. #
  6. # To activate this environment, use
  7. #
  8. #     $ conda activate wes
  9. #
  10. # To deactivate an active environment, use
  11. #
  12. #     $ conda deactivate

6.进入小环境

  1. conda activate wes
  2. # 进入环境后可以看到命令行前多了一个wes

7.在小环境中安装软件

  1. # 安装比对软件bwa
  2. conda install bwa
  3. # 安装samtools
  4. # 某些软件在conda 软件源的名称与原名称不太一致，安装之前可以用conda search 搜索一下，确认名称正确再安装
  5. conda search samtools
  6. conda install samtools
  7. # 多个软件一起安装
  8. conda install -y  sra-tools  fastqc multiqc trim-galore  cnvkit

软件安装完成的标志是出现下面的信息

  1. Preparing transaction: done
  2. Verifying transaction: done
  3. Executing transaction: done

8.退出环境

  1. conda deactivate