命令行执行SQL文件

  1. sqlite3 test.db < execute.sql

创建表

create_table.sql

  1. CREATE TABLE IF NOT EXISTS dbsnp(
  2.   chrom CHAR(2),
  3.   pos INT,
  4.   ref VARCHAR(50),
  5.   alt VARCHAR(50),
  6.   rsid CHAR(20)
  7. );

执行

  1. sqlite3 dbsnp.db < create_table.sql

导入数据

TSV数据，有表头

  1. chrom    pos    ref    alt    rsid
  2. 1    10019    TA    T    rs775809821
  3. 1    10039    A    C    rs978760828
  4. 1    10043    T    A    rs1008829651
  5. 1    10051    A    G    rs1052373574
  6. 1    10051    A    AC    rs1326880612
  7. 1    10055    T    TA    rs768019142
  8. 1    10055    T    A    rs892501864
  9. 1    10063    A    C    rs1010989343

import_tsv.sql

  1. .headers ON
  3. .separator "\t"
  5. .import test.tsv dbsnp

执行

  1. sqlite3 dbsnp.db < import_tsv.sql

创建索引

  1. sqlite3 dbsnp.db 'create index variant on dbsnp(chrom, pos, ref, alt)'
  3. sqlite3 dbsnp.db .indices # 查看索引
  5. sqlite3.dbsnp.db 'explain select * from dbsnp where chrom="1"' # 查看查询是否使用了索引