安装Miniconda

https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html#linux-installers
本地下载并上传到linux服务器

  1. wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh
  2. bash Miniconda
  3. . .bashrc

配置conda镜像

  1. conda config --set show_channel_urls yes
  2. vi .condarc
  3. #mirror
  4. channels:
  5.   - defaults
  6. show_channel_urls: true
  7. default_channels:
  8.   - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  9.   - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  10.   - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
  11. custom_channels:
  12.   conda-forge: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  13.   msys2: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  14.   bioconda: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  15.   menpo: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  16.   pytorch: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  17.   pytorch-lts: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  18.   simpleitk: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  19. #clean caches
  20. conda clean -i

安装R语言

conda安装R

  1. conda create -n R
  2. conda activate R
  3. conda update -n base -c defaults conda #更新conda
  4. conda search -c conda-forge  r-base 
  6. #彻底删除R
  7. conda remove r-base
  8. conda remove r-base-core
  10. # 将R添加入环境变量
  11. sudo vim /etc/profile
  12. export PATH=/home/lux/miniconda3/bin/R:$PATH
  13. source /etc/profile
  15. vim /etc/profile
  16. export PATH=/usr/bin/R

https://www.cnblogs.com/alanjl/p/13445500.html

更换镜像

https://mirrors.bfsu.edu.cn/help/CRAN/

修改 $R_home/library/base/R/Rprofile 文件的第(28、29)行（ $R_home 可以在 R 中执行 R.home() 得到）

  1. options(repos = c(USTC="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/"))
  2. options(BIOC = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

安装R包

  1. install.packages("pacman")
  2. library(pacman)
  3. pkgs = read.table("D:/code/Scripts/RPkgs.txt")$V1
  4. sapply(pkgs,p_install,character.only=T)
  5. #安装github
  6. p_install_gh()
  1. sudo apt-get update #更新源

下载一些必须的软件

  1. sudo apt install --fix-missing libcurl4-openssl-dev libxml2-dev libgdal-dev libssl-dev libglu1-mesa-dev libmagick++-dev libudunits2-dev 
  3. sudo apt install -y libcurl4-gnutls-dev
  4. sudo apt install -y  libxml2-dev
  5. sudo apt install -y  openssl 
  6. sudo apt install -y  libssl-dev

安装最新版R语言

使用root权限（系统管理员）安装最新版的R，我们的ubuntu是20，所以选择focal这个代号，然后是cran40，全部的代码如下：

  1. sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
  2. sudo add-apt-repository 'deb https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'
  3. sudo apt update
  4. sudo apt install r-base

安装一些R包

这里我们使用root权限（系统管理员）：sudo R

  1. options()$repos 
  2. options()$BioC_mirror
  3. #options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
  4. options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
  5. options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
  6. options()$repos 
  7. options()$BioC_mirror
  9. # https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
  10. if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  11.  install.packages("BiocManager")
  12. BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)

报错

  1. cannot move '/usr/local/lib/R/site-library/00LOCK-xml2/00new/xml2' to '/usr/local/lib/R/site-library/xml2': Permission denied
  1. install.packages("xml2", dependencies=TRUE, INSTALL_opts = c('--no-lock'))

参考
https://mp.weixin.qq.com/s/KFg7KrGSCeFz5lKpEdoUpA

在R中安装IRkernel 参照：Link

  1. install.packages('IRkernel') 
  2. library(IRkernel)
  3. IRkernel::installspec() #为当前用户安装，以管理员身份运行R
  4. IRkernel::installspec(user = FALSE) #为所有用户安装

指定 R 路径

  1. sudo sh -c 'echo "rsession-which-r=/opt/miniconda3/bin/R" >> /etc/rstudio/rserver.conf'

重启服务

$ sudo rstudio-server start
Julia
在julia REPL中输入]进入pakage模式

  1. add Ijulia
  2. using Ijulia

在服务器上安装miniconda
https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html#linux-installers
https://mirrors.bfsu.edu.cn/help/anaconda/

本地下载并上传到linux服务器
https://rstudio.com/products/rstudio/download-server/debian-ubuntu/

  1. sudo apt-get install gdebi-core
  2. sudo gdebi rstudio-server-1.4.1103-amd64.deb

遇到的问题20LTS不支持，所以降到18.04版本
新增Linux用户并分配目录

  1. sudo rstudio-server restart
  2. sudo useradd -d /home/cy -m cy
  3. sudo passwd cy
  4. sudo rstudio-server restart

报错

  • 占用问题

userdel: user xxx is currently used by process xxx 退出SSH连接重新登陆可解决占用问题

  • 连接失败

RStudio initialization Error
Unable to connect to service.
root用户不能登录，需要创建新用户并且分配目录

  • 端口占用

在腾讯云或者阿里云安全组中增加端口1314然后在rstudio-sever中设置

  1. netstat -nplt #查看使用的端口
  2. sudo vi /etc/rstudio/rserver.conf #修改端口
  3. www-port=1314
  4. rsession-which-r=/home/ubuntu/miniconda3/bin/R

给用户超级权限
切换到 root，输入visudo命令

  1. visudo
  2. # 该命令实际上打开的是/etc/sudoers文件，在“root ALL=(ALL:ALL) ALL”这一行下面加入一行：
  3. cy ALL=(ALL:ALL) ALL
  4. #然后 ctrl + x 退出，是否保存选择yes，再按Enter键退出

解决办法：
（假设是在usr1这个用户下安装anaconda的。anaconda的安装路径：/home/user1/anaconda3）
1.切换到安装anaconda的用户下
可以通过命令行：
cat .bashrc
查看conda的配置，往下拉，可以看到conda initialize的信息

2.复制.bashrc文件到普通用户，可以通过命令行添加环境变量
cp .bashrc /home/cy/.bashrc

复制文件时需要用到root权限，可以用sudo操作

3.回到需要使用conda的普通用户目录下，刷新，使用命令行
source ~/.bashrc
再执行conda命令，就发现可以用了
ERROR
1、安装GEOquery报错

  1. #error configuration failed for package ‘xml2’
  2. sudo apt-get install libxml2-dev #bash里输入

Julia

Julia 的全平台通用的方式： $JULIA_DEPOT_PATH/config/startup.jl (默认为 ~/.julia/config/startup.jl ) 文件定义了每次启动 Julia 时都会执行的命令， 编辑该文件， 添加以下内容即可：

  1. # ~/.julia/config/startup.jl
  2. ENV["JULIA_PKG_SERVER"] = "https://mirrors.ustc.edu.cn/julia"